การย้อมสีจากธรรมชาติเป็นวิธีการใช้สีจากธรรมชาติเพื่อทำให้เส้นใยมีสีสัน โดยเฉพาะการใช้สีที่ได้จากพืชและแมลง ซึ่งแตกต่างจากการย้อมสีด้วยสีสังเคราะห์ สีที่ได้จากแมลงเช่นคอชินีลก็ถูกนำมาใช้บ้าง เส้นใยที่มักจะถูกย้อมมีทั้งฝ้าย ขนสัตว์ และไหม โดยเฉพาะเมื่อย้อมเส้นใยที่มาจากพืช มักจะมีการทำการแช่โปรตีนล่วงหน้าก่อนเสมอ